Yr oedd gweinidog ieuanc Penybont-ar Ogwr, Y Parch J D Williams, wedi bod yn Ebeneser yn pregethu ac annerch yn niwedd 1850, ac wedi gwneud argraff ddofn ar bawb a’i clywodd. Derbyniodd alwad unfrydol i ddod yn weinidog ar eglwys Ebeneser, Caerdydd, ym Mehefin 1852 ac fe ddaeth fel olynydd i Lewis Powell.

Ganwyd ef ym mhlwyf Llanddeusant, Sir Gaerfyrddin ond symudodd yn ifanc iawn i ardal Defynnog, Brycheiniog ac ymunodd ag eglwys y Brychgoed. Yr oedd ganddo ddawn effeithiol mewn gweddi ac yr oedd ganddo lais hyfryd a pharabl rhwydd. Cymhellwyd ef i ddechrau pregethu. Yr oedd John Davies yr hwn a ddaeth yn ddiweddarach yn weinidog ar eglwys Mount Stuart a Hannah Street, Caerdydd yn cychwyn ar yr un pryd ag ef fel pregethwr. Cafodd lawer o anawsterau i gael addysg. Bu am ychydig wrth droed Llywelyn Powell Hanover ac yna fe gafodd ei dderbyn i goleg Homerton, Llundain. Yn o fe gafodd gymorth Dr Jenkyn, Prifathro Coleg Coward a thrwy ei ddylanwad ef cafodd fyn i Goleg Homerton. Yn y fan honn enillodd sylw Dr Pye Smith, Prifathro Homerton a chafodd hyd yn oed gymorth ariannol sylweddol ganddo. Yr oedd yn ddyn hardd a golygus a chyda dawn anarferol i ennill dynion. Yr oedd pregethu yn ei esgyrn a rhyw afiaith sanctaidd yn nodweddu ei holl gyflawniadau cyhoeddus. Ond fe hiraethai am gael dod yn ôl i Gymru i weinidogaethu. Ym 1848 cafodd ei ddymuniad ac fe’i hordeiniwyd yn weinidog Pen-y-bont a’r Coety, hen eglwysi'r Hybarch William Jones, awdur Y Geiriadur Ysgrythyrol.

Wedi profiad o bedair blynedd ym Mhen-y-bont daeth i Gaerdydd. Fe ddeuai tyrfaoedd i wrando arno fel pregethwr ac yr oedd yn gwbl esmwyth yn y Gymraeg a’r Saesneg. Pan ddoeth yr oedd yn ifanc, yn llawn ynni ac yn barod i gyflawni unrhyw waith dros ei Arglwydd. Y peth cyntaf yr oedd am gael oedd capel newydd harddach a helaethach ac arweiniodd yr eglwys i fod o’r un farn ac ef. Cafodd ganiatâd yr awdurdodau i gynnal yr oedfaon Sabothol yn Neuadd y Dref a bu hyn o les mawr i’r eglwys. Deuai pobl i wrando yn y Town Hall na fyddent byth yn mynd i Ebeneser nac i unrhyw le arall o addoliad. Y canlyniad fu i’r gynulleidfa gynyddu yn fawr o ran nifer yn ystod y cyfnod yn Neuadd y Dref.

Agorwyd yr ail Ebeneser yn Hydref 1853 pan bregethwyd gan nifer dda o weinidogion mwyaf amlwg Morgannwg. Yn oedfa olaf yr ŵyl agor rhoddwyd 5 i siarad. Ar yr achlysur casglwyd £430 tuag at y ddyled. Costiodd y capel newydd £1, 100 a’i gynllunydd oedd Daniel Thomas a’r adeiladydd oedd Asa Morgan, diacon yn yr eglwys. Yr oedd bendith mawr a’r achos a’r eglwys yn cynyddu’n gyflym. Gwahoddodd Mr Williams a’r eglwys y Gymanfa fawr bedair -sirol i’r dref ym 1856. Ynddi pregethodd rhai o bregethwyr blaenaf yr Annibynwyr, David Williams, Troedrhiwdalar, William Rees (Gwilym Hiraethog), Dr Rees, Cendl, John Davies, Cwmaman, T. Davies Llanelli, Joseph Evans, Capel Seion, J Joseph, Llangennech ac eraill. Cynhelid hi ym mharc Arglwydd Bute, lle saif adeiladau Neuadd y Ddinas a’r Amgueddfa Genedlaethol erbyn hyn. Mae'n debygol i Hiraethog gael un o oedfaon mwyaf ei oes yn y Gymanfa hon.

Ond ynghanol ei brysurdeb a’i lwyddiant galwyd J D Williams i’r gogoniant a bu farw yn annhymig ar brynhawn Sul 26ain Hydref 1856 ac yntau yn ddim ond 33ain mlwydd oed. Claddwyd ei weddillion ym mynwent y Groeswen a chododd eglwys Ebeneser feddfaen hardd er cof amdano. Y Parch John Davies, Aberaman a draddododd y bregeth angladdol.